Si bien algunos de los personajes más emblemáticos tuvieron una presencia algo pobre en el largometraje que parece estar centrada en un 90% en los tres personajes principales quienes difícilmente dejan de estar a cuadro en las cerca de 2 horas de duración, otros personajes secundarios fueron sencillamente eliminados o tuvieron apariciones más bien simbólicas, pronunciando apenas 2 o 3 líneas.

Tal es el caso del recordado Kamjin, que en la versión cinematográfica, aparece en una sola escena, como el verdugo de Focker, fiel a su naturaleza violenta, Kamjin tiene la función de otorgar una muerte honorable y dramática a la gran figura del mentor que es Focker, tan sólo para morir en el acto, en contraste con su rol en la serie de televisión en la que fungía como un temible enemigo, cuya función era ser el principal adversario de la cultura humana, apareciendo recurrentemente como azote de la agobiada Macross.

Otros personajes ampliamente recordados como Kim, Shammy y Vanessa aparecen únicamente en un par de escenas con un solo diálogo, en el que si bien hacen referencia a sus personalidades por las que son reconocidas, pierden gran importancia y de paso mucho de su carisma. En este aspecto son aún más severos los casos de Warera, Loli y Conda quienes sufrieron una transformación tan drástica que es difícil reconocerles en su única escena.