En el año 2009, la fortaleza espacial SDF-1 Macross se dirige de regreso a la tierra, luego de haberse visto obligada a huir del planeta durante el primer ataque de la raza de alienígenas gigantes conocida como "zentradi".

Abordo de la nave se encuentran el piloto de combate Hikaru Ichijo, su superiora, la teniente Misa Hayase y la cantante más popular del momento Lynn Minmay, quienes al conocerse habrían de conformar uno de los triángulos amorosos más emblemáticos en la historia de la animación japonesa.

Cuando Hikaru tiene una cita de ensueño con su adorada Minmay, sin saberlo emprendería un viaje sin retorno que lo llevaría tanto a conocer a su verdadero amor en la persona más inesperada, como a descubrir el misterio del verdadero origen de la humanidad, con un peculiar hallazgo que habría de convertirse en la última esperanza de la humanidad, a través de una simple canción de amor.