En el año 1999, un extraño objeto de colosales dimensiones se estrella en la isla "Ataria del sur" en el Océano Pacífico, el cual resulta ser una nave espacial dotada de tecnología abismalmente superior a la de los terrícolas.

Tras de 10 años de restauraciones de la nave bautizada como "SDF-1 Macross" y un conflicto a nivel global, la humanidad prepara una ceremonia espacial para el despegue inaugural del ambicioso proyecto, sin embargo del hiperespacio emergería una misteriosa flota enemiga, de guerreros gigantes llamados zentradi, quienes han seguido el rastro de una nave enemiga hasta la tierra, teniendo como fin recuperarla a toda costa.

El joven piloto civil Hikaru Ichijo, invitado al evento por su mentor el Mayor Roy Focker queda atrapado en la batalla durante el primer ataque alienígena, salvando de forma fortuita a la mesera aspirante a cantante Lynn Minmay, al mismo tiempo de confrontar a la inflexible teniente Misa Hayase.

Cuando la vida de Hikaru se ve drásticamente afectada por los estrambóticos sucesos recientes, este decide enlistarse en el ejército de las "Fuerzas unidas", motivado principalmente por su necesidad de proteger a la adorable Minmay, a quien no puede sacar de sus pensamientos, emprendiendo así un viaje que lo llevaría a madurar y encontrar inesperadamente el verdadero amor, enfrentando grandes y dolorosas pérdidas durante la batalla por la supervivincia de la raza humana.