La versión cinematográfica de Macross supuso una notable evolución en diversos aspectos técnicos tanto como para la producción en sí misma como para la industria en general, aportando notables cambios en algunos de los personajes y otros elementos del largometraje.

Probablemente la diferencia más grande entre la película y la serie de televisión, es su argumento, que aunque es esencialmente el mismo, presenta algunas discrepancias en algunos pequeños detalles sobre todo en el orden de ciertos acontecimientos.

Al tratarse de una entrega que resumiera una historia de 27 capítulos en una película de poco menos de dos horas, resulta algo natural la omisión de algunos elementos que formaban parte originalmente de la serie de televisión, principalmente personajes secundarios y algunos acontecimientos.

La historia narrada en este filme a diferencia de la serie de televisión, introduce al espectador ya de lleno en el conflicto humano-zentradi en plenitud, brindando únicamente un breve prólogo, por lo que no vemos la caída del ASS-1 en la tierra que en esta versión de la historia es un crucero meltradi (otra diferencia), y no del ejército de supervisión, concepto que es suprimido en la película.