Tratando de mantener el alto nivel obtenido anteriormente, uno de los aspectos que convirtieron al proyecto de "Macross II" en uno de los más ambiciosos de su tiempo fue la banda sonora, un elemento al que se le destinó una considerable cantidad de esfuerzo y recursos, reuniendo a varios talentos encargados de materializar un estilo completamente nuevo destinado a una generación distinta.

A pesar de lo altamente exitosa que resultó la banda sonora de la serie original y su versión fílmica, esta sencillamente no resistió la prueba del tiempo, llegando a sonar sumamente anticuada 10 años después de su estreno. Si bien el concepto de la cantante idol habría de mantenerse durante varias décadas dentro de la cultura japonesa, este iría evolucionando con respecto a las tendencias musicales tanto en oriente como en el mundo en general, fue así como durante el proceso creativo del desarrollo del este proyecto se decidió renovar por completo el estilo musical representado, en un principio decidiendo dar a la música un papel aún más preponderante y haciéndolo uno de sus más grandes atractivos para el público en general.

Para lograr el cometido de una renovación estructural, el equipo se encargó de reunir a tres diferentes cantantes, con el fin de generar una idea musical más diversa, en vez de enfocarla en un solo personaje, muy probablemente para tratar de representar una escena musical más real y diversa, tal como se puede apreciar, aunque brevemente en la escena en la que Ishtar decide recorrer la nueva Ciudad Macross ella sola.

Por otro lado, el encargado de componer la música de fondo fue el prolífico Shiro Sagisu, un afamado compositor y productor dentro de la escena musical del Japón, pero que para entonces aún estaba por consagrarse como tal, teniendo sin embargo el antecedente de haber trabajado en el clásico de culto "Megazone 23", para el que por cierto, Haruhiko Mikimoto también aportó su talento en el diseño de personajes. Sagisu pudo aportar nuevas ideas que mantenían un claro estilo jazzístico pero enfocado a una de sus infinitas ramificaciones que pudieron diferenciarlo drásticamente de su antecedente inmediato.

No es ningún secreto que muchos realizadores japoneses han sentido una enorme fascinación por el estilo conocido como “cine negro”, un estilo cinematográfico de gran popularidad hacia finales de la primera mitad del siglo XX, particularmente en América del norte, caracterizado por representar una atmósfera tensa y abrumadora obteniendo su notoriedad a la postre con historias de suspenso y detectivescas complementadas con bandas sonoras con una amplia presencia de música tipo jazz "big band" usualmente resaltando instrumentos como la trompeta o melancólicas voces femeninas, y Shiro Sagisu no fue la excepción al intentar brindar dicha identidad musical a un nuevo proyecto que buscaba renovarse, paradójicamente decidiendo inclinarse por un estilo considerado como “retro” ya para esos entonces, pero que sin duda tenía al menos en principio la firme intensión de crear una banda sonora mucho más ambiciosa y sofisticada, aunque el resultado puede estar abierto a debates y distintos tipos de apreciaciones, la verdad es que sin ser el mejor trabajo de Sagisu, al menos en la intensión de renovar la identidad de la franquicia, esta se cumplió.