En el año 2040, el recién colonizado Planeta Edén recibe la esperada visita de Sharon Apple, la cantante más popular en toda la galaxia, la cual es una “idol” virtual generada por inteligencia artificial, siendo desarrollada por la entidad conocida como “Macross Consortium”, dependiendo así de la productora musical Myung Fang Lone para el debido funcionamiento de Sharon.

Mientras tanto, en el Centro de Pruebas de Vuelo “New Edwards”, el recién integrado piloto Isamu Alva Dyson hace una temeraria y extravagante muestra de sus habilidades, como parte del equipo de la compañía “Shinsei Industries”, quienes compiten en el llamado “Proyecto Súper Nova” para definir al nuevo caza variable insignia de las Fuerzas Unidas, con el novedoso modelo YF-19 “Águila Uno”.

Pronto Isamu descubriría que su rival en la competencia es su viejo amigo de la infancia, el piloto de origen zentradi Guld Goa Bowman, con quien tuviera un fuerte enfrentamiento tras un traumático incidente siete años antes, lo que agudiza la tensión en la competencia, dando así origen a una encarnizada rivalidad entre ambos pilotos.

Tras ser reprendido por el Coronel Millard Johnson debido a su descuidado comportamiento, Isamu decide liberar las tensiones, fijando su atención en la atractiva investigadora militar y compañera de equipo, Lucy McMillan, llevándola a un salvaje paseo en motocicleta, durante el cual se percata de una inquietante similitud entre la voz de Sharon y una vieja amiga de su pasado.

Sintiendo una gran nostalgia, Myung se dirige al mirador la colina “Star Hill”, en donde se reencontraría con Guld, quien luego de verla en una conferencia de prensa, presentando la gira galáctica de Sharon, asumiría que volvería a un lugar tan significativo para ella, intentando así volver a acercarse a ella, prometiéndole que le ayudará a superar los dolorosos eventos de su pasado, cuando de repente, Isamu y Lucy interrumpen la conmovedora escena, dando pie al primero de varios enfrentamientos acalorados entre los dos temperamentales pilotos, los cuales sólo logran alejar a Myung más y más de cada uno de ellos.

Tras el reencuentro de ambos con Myung, las tensiones en el proyecto se agudizarían aún más, dado pie así a una encarnizada competencia entre ambos equipos, mientras Myung y su equipo de colaboradores preparan la producción para el impresionante concierto de Sharon.

El esperado día del recital finalmente llega, e Isamu asiste en compañía de Lucy y el joven prodigio jefe de ingenieros Yang Neuman del equipo del YF-19, quien es un enorme fanático de la cantante virtual, que, además es un talentoso hacker, cuya habilidad le permite intentar tomar control de Sharon momentáneamente, siendo descubierto sin embargo por el sistema de seguridad el Macross Consortium.

Es mediante este sistema de cámaras de circuito cerrado que Sharon logra percatarse de la presencia de Isamu entre los miles de asistentes, causando así gran inestabilidad en las emociones de Myung, lo que genera gran desconfianza en el misterioso científico Marj Gueldoa, quien decidiría a partir de entonces dejar de depender de la inestable productora, decidiendo adquirir un chip de “Inteligencia Bioneural” en el mercado negro, los cuales son ilegales, debido a la imprevisibilidad que pueden causar en una inteligencia artificial.