En el año 2040, el impetuoso e impredecible piloto de combate de las Fuerzas Unidas, Isamu Alva Dyson es transferido como piloto de pruebas a la base “New Edwards”, como castigo luego de un comportamiento irresponsable en una batalla con fuerzas zentradi rebeldes, poniendo en peligro a su escuadrón de unidades valquiria VF-11 Thunderbolt.

Es así como el temperamental piloto llega al planeta Edén, primer planeta colonizado por la humanidad, en donde se ubica el complejo que será sede del llamado “Proyecto Súper Nova”, que enfrenta a las compañías “Shinsei Industries” y “General Galaxy”, quienes han desarrollado los prototipos “YF-19 Alfa Uno” y “YF-21 Omega Uno” respectivamente, para definir al nuevo caza variable insignia de las Fuerzas Unidas, en reemplazo del VF-11.

Con gran entusiasmo, Isamu acepta unirse al equipo del "Alfa Uno", sólo para ser advertido por el ingeniero en jefe Yang Neuman del gran peligro que esto implica, debido a las enormes velocidades que su prototipo puede alcanzar, revelándose que, debido a esto, muy pocos pilotos estaban dispuestos a desempeñar tal labor, algo que Isamu no ve más que como un aliciente para sorpresa de todos.

Sin embargo, Isamu pronto descubriría que su rival en la competencia no sería otro que, el piloto de pruebas Guld Goa Bowman de origen zentradi, y viejo amigo de su infancia, pero con quien actualmente tiene una jurada enemistad, marcada por un traumático evento del pasado, mostrando Guld desde un principio todo su desdén por su antiguo compañero advirtiendo al Coronel Millard Johnson del peligro que implica trabajar con gente tan impredecible como Isamu, sentándose así las bases de una encarnizada rivalidad.