En el año 1999 un misterioso objeto cae en la tierra, el cual resulta ser un crucero de batalla de una raza alienígena poseedora de una tecnología abismalmente superior a la de los terrícolas.

10 años después, la nave restaurada por los humanos es atacada por un misterioso enemigo, la raza de gigantes alienígena conocida como "zentradi" obligando a la tripulación de la nave recién bautizada como SDF-1 Macross  a huir de la tierra, cayendo por un error de cálculos de la inexperta tripulación en la órbita de Plutón en los confines del sistema solar.

En su viaje de regreso a la tierra, la nave que alberga una ciudad con una población civil de 55 mil habitantes dentro debe sortear los constantes ataques de los zentradi llegando estos finalmente a penetrar la nave durante su paso por la órbita de Saturno, encontrando para su sorpresa que los humanos a quienes ellos se refieren como "micrones" viven en unión con su contraparte femenina, causando un choque cultural que les priva de la capacidad guerrera nata de su raza.

Durante el ataque, el joven piloto Hikaru Ichijo acude al rescate de la popular cantante "idol" Lynn Minmay quien se ve acorralada por dos de los gigantes después de haber destruido el refugio en el que se encontraba, todo esto mientras la enorme nave inicia su proceso de transformación a modalidad de combate reconfigurando numerosas secciones de su interior, lo que da como resultado que el ingenuo piloto y la coqueta cantante queden atrapados durante 1 semana en una sección inaccesible del complejo.