Del hiperespacio emerge una flota ofensiva perteneciente a una raza de alienígenas conocida como zentradi, quienes rastreando la señal de un crucero de combate enemigo derribado en una batalla contra una facción a la que denominaban como Ejército de supervisión, llegan al planeta tierra con la finalidad de recuperar dicha nave.

Al activarse automáticamente el sistema de defensa de la nave Macross, se inicia un conflicto, primero de la humanidad ante fuerzas alienígenas, lo que da oportunidad a desplegar los nuevos cazas de combate conocidos como "valquirias" desarrollados con potente tecnología de punta obtenida de las investigaciones en la nave alienígena, dando así inicio a la primera guerra espacial.

Tras verse ampliamente superados por las fuerzas invasoras, el Capitán Bruno J. Global decide realizar un pliegue espacial al lado oscuro de la luna, pero un error de cálculos de la tripulación de la nave Macross, los arrastra hasta la órbita de Plutón, al final del sistema solar, llevando consigo a los portaaviones "Dédalo" y "Prometeo" así como a la isla con su población entera, viéndose así en la necesidad de incorporar a la ciudad construida originalmente a su alrededor, dentro de la nave misma, emprendiendo así un viaje de regreso a la tierra, tratando de repeler los erráticos ataques de las fuerzas zentradi.

El piloto civil Hikaru Ichijo luego de conocer a la lugareña Lynn Minmay al quedar atrapados en una sección inaccesible de la nave, después de haberla rescatado durante el primer ataque zentradi, decide enlistarse en las Fuerzas unidas con la finalidad de proteger a la chica de quien eventualmente queda perdidamente enamorado, aunque sufriendo varios desaires de su parte debido a su personalidad inmadura y frívola, al mismo tiempo que inicia una carrera algo accidentada como piloto, enfrascándose en diversas discusiones con su oficial superior Misa Hayase, con quien habría de desarrollar una inestable relación laboral y personal.