Unos reflexivos Hikaru y Misa recorren la Ciudad Macross mientras esta última percibe inquieta que el afecto que Hikaru siente por Minmay no ha desaparecido al ver uno de sus videos en las pantallas de la ciudad. Al mismo tiempo, Moruk Laplamiz encomienda a su mejor guerrera, la sanguinaria Milia 639 la importante misión de recuperar el complemento de la reliquia que se encuentra en poder de su archi-enemigo Bodolzer, la cual según sus informes se encuentra en las ruinas de la Protocultura en el planeta tierra.

El feroz ataque meltran comienza ante la incredulidad de un confiado teniente Maximilian Jenius, ahora líder del escuadrón skull que tras presenciar la fulminante muerte de su subordinado Hayao Kakizaki, hace frente a la implacable Milia, llevando su intenso combate dentro de un crucero meltran, en donde finalmente el apuesto piloto logra herir a la igualmente hermosa guerrera gigante de quien queda prendado al instante.

Alrededor de las ruinas, el inmisericorde ataque meltran continua y estando apunto de destruir a la Macross y a la amenazante cultura perdida de una vez y para siempre, del hiperespacio emerge la flota principal de Bodolzer reproduciendo una misteriosa música cuya partitura se encontraba inscrita en la reliquia que se encontraba en su poder y que una prisionera Minmay ayudó a interpretar lo que ahuyenta a las meltran.