Luego del fin de la primera guerra espacial, las Fuerzas Unidas han anunciado un proyecto de inmigración de ultra larga distancia que tiene como cometido colonizar nuevos mundos a lo largo y ancho de la galaxia, para lo que han completado la construcción de una nueva fortaleza espacial a la que han dado el nombre de Megaroad 01, construcción realizada gracias a la tecnología obtenida en el satélite fábrica del Ejército de supervisión.

Esta nueva nave está ahora al mando de la Capitana Misa Ichijo, recién casada con el piloto Hiakru Ichijo, ahora líder del nuevo escuadrón "skull" de unidades valquirias modelo VF-4 Lightining III.

Al mismo tiempo, la cantante Lynn Minmay, artífice de la victoria sobre los gigantes zentradi se encuentra realizando una gira de despedida llamada "Sayonara Concert Summer" por la tierra, culminando con una última fecha en la Ciudad Macross, habiendo decidido embarcarse en la nueva flota de inmigración Megaroad.

En medio de su presentación, Minmay se permite reflexionar sobre los acontecimientos que rodearon su vida en los últimos tres años, mostrándose particularmente melancólica pero haciendo una madura transición en su vida, ahora caracterizada por la aceptación y el perdón.

Poco tiempo después, Minmay finalmente aborda la nueva nave, tras hacer las pases consigo misma además de con Misa y Hikaru quienes se muestran dispuestos a apoyarle en esta nueva etapa de sus vida. El Megaroad despega, escoltado por la nave insignia de Vrilwhai Kridanik con un destino incierto en la galaxia, para no volver jamás.