Joven prodigio, graduada con honores del Colegio militar de las "Fuerzas unidas", teniendo como prometido al cadete Riber Fruhling, quien resultaría trágicamente muerto en combate durante la "Guerra de unificación", suceso que en conjunto con la férrea educación militar que Misa tuvo desde niña, contribuyó a que esta formara una personalidad dura e insensible.

Tras graduarse, fue asignada a la recién restaurada nave SDF-1 Macross en la isla "Ataria del sur" junto con Claudia LaSalle, Vanessa Laird, Shammie Milliome y Kim Kavriov, con quienes conformaría el puente de mando de la fortaleza espacial.

Tras el ataque de los zentradi a la tierra en el verano del 2009, sería esta inexperta tripulación quienes ejecutaran un pliegue espacial que les arrastra hatsa la órbita de Plutón, junto con los 55 mil habitantes de la isla, viéndose obligados a encontrar el camino de regreso a la tierra la cual se sospecha acabó siendo destruida durante dicho ataque.

Al pasar por la órbita de Saturno, la Macross es atacada nuevamente por los gigantes, batalla durante la cual Misa tiene una confrontación con su insolente subordinado, el piloto de valquiria, Hikaru Ichijo, quien cuestiona constantemente su autoridad solamente por su sexo.

Cuando Hikaru resulta desaparecido en combate, Misa se muestra sumamente insensible debido al gran desprecio que siente por el piloto, tan sólo para tener que reprenderlo una vez que este es rescatado aunque captado en una situación comprometedora con la "idol", Lynn Minmay.

Durante una reunión extra oficial con Claudia y su pareja el teniente Roy Focker, Misa es confrontada por este último quien esgrime algunos comentarios sexistas cayendo en una actitud impertinente al haberse excedido en el consumo de alcohol, reunión a la cual se sumaría de forma muy incómoda el insignia Hikaru Ichijo, tan sólo para pasar un bochornoso momento con el ya altamente alcoholizado Focker, dejando entrever Misa sus profundas convicciones y disciplina personal.

Cuando el imprudente Hikaru decide llevar a Minmay de paseo fuera de la Macross, Misa es contactada por el primo de la cantante, llamado Lynn Kaifun, saliendo ambos en busca de la descuidada pareja, sin embargo los cuatro son sorprendidos por un escuadrón de reconocimiento zentran que tenía como cometido capturar algunos especímenes "micrones" para llevarlos ante su líder supremo. Misa solicita el apoyo del teniente Focker, pero los cinco terminan siendo superados y eventualmente capturados.

A bordo de la nave zentran, Misa y compañía son sometidos a un interrogatorio por parte de los gigantes quienes intentan descubrir el misterio que encierran sus inusuales enemigos a quienes consideran una especie primitiva, ante lo que Misa intenta explicar las costumbres humanas y su capacidad de mostrar afecto, sobre todo a personas del sexo opuesto, lo que deriva en un beso entre Kaifun y Minmay.

Luego del gran impacto que causó el beso entre hombre y mujer en los gigantes, estos deciden llevar a la pareja que lo expuso ante su comandante Gorg Bodolzer, mientras Misa intenta a su vez revelar el misterio de estos implacables enemigos que sin embargo podían quedar impávidos con una acción tan trivial. 

Durante el ataque meltran, Misa, Hikaru y Focker intentan huir abriéndose paso aprovechando la conmoción, sacrificándose así el rubio piloto para permitir que Hikaru y Misa busquen y recaten a Minmay, causando gran conmoción en su pupilo Hikaru, quien acaba confrontándose nuevamente con Misa ante la aparente insensibilidad de esta última.

A pesar de los esfuerzos, Hikaru y Misa fallan en su intento de rescatar a Minmay y Kaifun siendo expulsados durante el pliegue espacial que realizó la nave zentran, siendo transportados hasta el planeta tierra, confirmando así la terrible sospecha de su funesto destino.

Luego de recorrer las ciudad principales de lo que en alguna vez fue un planeta lleno de vida, Misa comienza a desmoronarse moralmente, ante un incisivo Hikaru que comienza a notar por primera vez cierta vulnerabilidad en la que antiguamente consideraba una persona obsesionada con el deber, terca e inflexible, comenzando así a sentir empatía y crear un vínculo con ella.

Durante sus exploraciones, la pareja descubre una misteriosa estructura en medio del océano que no resulta ser otra cosa que una antigua ciudad construida por la civilización alienígena conocida como "protocultura". Al llegar a la computadora central de la ancestral ciudad, Misa intenta contactar sin mucho éxito a la Macross, activando por error los registros del súper ordenador los cuales revelan el verdadero origen de los humanos y los gigantes a mano de la Protocultura.

Misa y Hikaru recorren e incluso llegan a habitar la antigua ciudad, en la que Misa descubre una extraña placa que parece tener una inscripción que la ahora más comprensiva teniente no logra comprender al tratarse de una lengua diferente a la de los gigantes.

Finalmente, luego de 1 mes la Macross logra regresar a la tierra para rescatar a la apocalíptica pareja, lo que les lleva a reflexionar sobre su vida y lo importante que es preservar la cultura humana para evitar compartir el mismo destino que los guerreros gigantes que ahora les persiguen.

Tiempo después, una flota meltran logra llegar a la tierra con la finalidad de destruir las ruinas de la protocultura y recuperar una antigua reliquia en ella de la que se dice puede llegar a inhibir la capacidad guerrera de los gigantes, lanzando así un ataque a gran escala sobre la Macross, casi destruyéndola, de no ser por la aparición de la flota principal de Gorg Bodolzer, que usando el canto de Minmay logra ahuyentar a las implacables guerreras meltran, firmando así una inesperada alianza con los micrones.

Misa y Hikaru se reúnen con Minmay de forma muy incómoda durante la conferencia de prensa que el Capitán Brumo J. Global, lleva a cabo para dar a conocer la histórica información de la que ahora dispone. Más tarde, Misa continúa indagando tratando de traducir la placa que encontró en la ciudad de la Protocultura, descubriendo "casualmente" que contiene la letra para la melodía inscrita en la placa de los zentradi.

Entusiasmada, Misa busca a Hikaru para consultarle sobre su hallazgo, sólo para descubrirle en una situación comprometedora con Minmay, sietiendo así pena por sí misma asumiendo que Hikaru volvería con su amada idol, lo que es desmentido tajantemente por el joven piloto, lo que desemboca en el llanto de Minmay quien sale corriendo totalmente despechada, mientras Hikaru confiesa sus verdaderos sentimientos hacia Misa, sin embargo, en ese momento Bodolzer decide romper la tregua con los micrones, al perder la paciencia por no haber sido capaces de completar la canción, y el errático comportamiento de Minmay, de modo que Misa insta a Hikaru a buscar a Minmay y convencerla de cantar la canción ahora completa.

Misa vuelve al puente de mando de la Macross, y contando con el apoyo de una Minmay más madura transmite el canto de la hermosa idol a las naves enemigas causando un profundo choque cultural, logrando incluso el apoyo de muchos gigantes cautivados por el regreso de la antigua cultura perdida, abriéndose paso así hasta la nave nodriza de Bodolzer acabando así con su tiranía y restaurando la cultura en galaxia.

Tras el conflicto, Misa explica a una incrédula Claudia el misterioso poder de la música y su trascendencia en los sentimientos de las personas aunque se trate de una antigua raza alienígena perdida en el tiempo.