Proveniente de una estirpe de tradición militar japonesa, Misa fue educada con férrea disciplina por parte de su padre Takashi Hayase, perdiendo a su madre a muy temprana edad, Misa se vio expuesta a un ambiente algo frío en su familia, debido a las enormes responsabilidades de su padre como almirante de las Fuerzas unidas, lo que hizo de ella una persona inflexible y poco expresiva, lo que se agudizó al perder a un primer amor, el teniente Riber Fruhling, quien desaparecería al viajar a la base "Salla" en el planeta Marte, al ser esta atacada por remanentes de la Liga de anti unificación.

Misa se graduó como primera en su clase de la academia militar pues le había prometido a Riber alcanzarlo en Marte una vez, que lograra convertirse en militar, siendo asignada más tarde como parte de la tripulación del SDF-1 Macross en la isla Ataria del sur, en donde conocería a sus compañeras Claudia LaSalle, Kim Kavriov, Vanessa Laird y Shammy Milliome, con quienes no logra llevarse nada bien en un principio, pero conformando un sólido y eficiente equipo de trabajo conforme se desarrolla la serie.

Es percibida como una joven prodigio pero al mismo tiempo como una persona amargada y resentida, e incluso como una solterona (a pesar de contar únicamente con 19 años), al no conocer sus compañeras de alguna atracción suya por algún hombre, y mostrar poco interés por las conversaciones informales y los chismes de corredor dentro de la fortaleza espacial, lo que le hace acreedora de una temible fama con los pilotos que reciben sus instrucciones.

Durante la primera guerra espacial, juega un papel crucial, como jefa de operaciones, procurando siempre ser lo más eficiente en su trabajo, mostrando grandes aptitudes ante situaciones de crisis, don de mando y al proponer usar la energía del nuevo sistema de defensa “punta de alfiler”, concentrándola en la proa de la nave semi-sumergible "SLV-111 Dédalo" y concentrar una fuerza considerable de unidades “Destroid” para perforar la misma sección de la nave enemiga, a lo que ella denomina como “Ataque Dédalo”.

Al ser tomada como prisionera en una misión de reconocimiento en un área de asteroides, Misa junto con los miembros del escuadrón bermellón, logra hacer contacto directo con el enemigo zentradi, siendo sometida a un extenuante interrogatorio por el mismísimo comandante supremo de las fuerzas zentradi, tratando de reunir la mayor cantidad de información acerca del hasta entonces misterioso enemigo que las Fuerzas unidas estaban enfrentando, sin embargo la evidencia en vídeo que Misa había logrado reunir se pierde mientras trata de escapar con el resto del escuadrón bermellón quedando únicamente un testimonio verbal, lo que le causa muchas descalificaciones al considerar el resto de los altos mandos a bordo de la Macross como una percepción exagerada hacia la descomunal fuerza zentradi.

Debido a su personalidad vehemente, Misa se enfrasca recurrentemente en estériles discusiones con el piloto Hikaru Ichijo, a quien llega a exponer involuntariamente a situaciones muy peligrosas, de las que constantemente logra salvarse de manera fortuita, lo que eventualmente la lleva a desarrollar cierta simpatía hacia él.

Al regresar a la tierra, Misa y algunos de sus compañeros deciden ir a celebrar al restaurante chino de la familia de la naciente estrella Lynn Minmay, en donde conoce al primo de esta, quien según Misa guarda un gran parecido físico con el desaparecido Riber, por lo que comienza a sentirse atraída hacia él, sólo para enterarse poco después del enorme desprecio que éste siente hacia los militares.

Durante la breve estadía de la Macross en la tierra, antes de ser expulsada con todos sus tripulantes y los 55 mil refugiados de la isla "Ataria del sur", Misa y Hikaru empiezan a llevarse mejor y comprender un poco mejor las motivaciones uno del otro, poco más tarde Misa decide emprender un viaje a la tierra para tratar de convencer a su padre, ahora miembro del alto mando del gobierno de la tierra, de intentar negociar una tregua en una guerra que Misa sabe jamás podrán ganar.

Sin embargo su padre Takashi, a pesar de mostrar interés en la propuesta de Misa, le revela el plan que tienen las Fuerzas unidas, de usar una gigantesca arma conocida como “El gran cañón”, para mostrar su poderío militar a los gigantes, a lo que Misa reacciona totalmente decepcionada, distanciándose de su padre, mientras este decide retenerla en la tierra para no volver a exponerla al funesto destino al que ya han condenado a la Macross.

Sin muchas opciones Misa reasignada a la base en Alaska, preocupada por el destino de los que ya considera sus amigos a bordo de la fortaleza Macross, sigue procurando promover una iniciativa pacifista tratando de influir en su padre, mientras el conflicto llega a su clímax con el despliegue de la flota principal alrededor de la tierra, lo que culmina en la infructífera utilización del gran cañón contra la flota principal y la descomunal reacción de la misma, al destruir el 90% de la superficie de la tierra, ataque del que únicamente Misa y su padre logran sobrevivir, aunque este último sólo por unos instantes, Misa recibe un último mensaje de su padre arrepentido, concediéndole razón pero ya demasiado tarde, viendo Misa morir a su padre en dicha transmisión, siendo más tarde rescatada una vez más por Hikaru quien se encontraba reincorporándose del embate enemigo.

Durante la post-guerra Misa es ascendida como capitana del cuartel general en la "Ciudad Macross", mientras su superior el entrañable Capitán Global, con quien siempre había logrado entenderse muy bien había pasado a convertirse en el comandante supremo de las Fuerzas unidas.

Misa ahora un poco más sensible al ser vulnerada por su creciente atracción hacia Hikaru, comienza a mostrarse más volátil, y a pesar de tratar de tomar la iniciativa, se ve tristemente rechazada con frecuencia por un altanero Hikaru, a causa de una serie de malentendidos, que cargan a la serie de una dosis de drama que mantenía a los espectadores enganchados con la historia.

Luego de una emotiva conversación con Claudia, Misa decide ser honesta consigo misma y con Hikaru y trata de expresarle sus sentimientos, únicamente para seguir sufriendo su desdén, viéndose al final en una crisis existencial al encontrar a Hikaru ya viviendo con Minmay, corriendo al bar más cercano por la escena que acaba de presenciar, decidiendo además que abandonaría el ejército ya que no soportaría ver a su amor no correspondido constantemente, lo que la hizo cuestionarse su vocación militar.

Sin embargo el mismo Capitán Global, la persuade de continuar en las fuerzas armadas, asignándole el mando de una nueva fortaleza espacial, que ha sido construida con el fin de expandir a la raza humana, que se había visto al borde de la extinción, y que ha visto su hogar convertido en un paraje desolador y estéril, por lo que la necesidad de encontrar nuevos planetas se ha convertido en una prioridad para preservar su existencia.

Durante el ataque de las últimas fuerzas rebeldes zentradi, Misa enfrenta una situación crítica viendo destruida su estación de combate, decidiendo utilizar a la maltrecha nave Macross junto con Kim, Shammy y Vanessa, sólo para descubrir que tanto Claudia como el Capitán Global les aguardan, para plantar cara por última vez haciendo despegar a la fortaleza en una batalla final contra un osado ataque suicida, pudiendo escapar en el último momento, la tripulación de la Macross resulta sana y salva, más no así la fortaleza que ha quedado completamente destruida.

Misa se reúne con Hikaru, quien ha aclarado sus sentimientos, y ambos deciden embarcarse en la nueva empresa de la expansión de la raza humana por toda la galaxia, encontrando así finalmente un nuevo propósito a su vida.